本病需与其他原因引起的腹泻相鉴别如细菌性腹泻阿米巴肠病等
肠阿米巴病不应忽视因阿米巴病缺乏特殊的临床表现该病起病较慢中毒症状较轻容易反复发作肠道症状或痢疾样腹泻轻重不等 故对肠道紊乱或痢疾样腹泻而病因尚未明确或经磺胺药抗生素治疗无效应疑为本病
确诊前做粪便检查:⑴活滋养体检查法;⑵包囊检查法